Организационно-экономический механизм инвестирования в производство дополнен новым элементом — контроллингом. Контроллинг — это направленная на результативное развитие система, обеспечивающая управляющую систему организационно-экономическими и управленческими методами и инструментами инвестирования производства и управления в целом путем фиксирования ресурсов и результатов деятельности организации региона. Рекомендована схема контроллинговых операций инвестиционно-инновационной деятельности организации региона. Предложена схема построения стратегической карты организации, осуществляющей инвестиционно-инновационную деятельность на основе системы сбалансированных показателей, которая показывает перспективные направления инвестиционного и инновационного процессов исследуемого объекта. Специфической особенностью данной модели является использование инновационной составляющей, характеризующей управление инвестиционно-инновационной деятельностью с позиций ресурсной обеспеченности процессов развития и возможностью использования маркетинговых стратегий развития. Роль инновационной составляющей заключается в повышении эффективности использования ресурсов в области разработки и внедрения инноваций при осуществлении инвестиционно-инновационной деятельности организации региона.