Рассмотрена теория релаксации квантовых наноэлектромеханических систем (НЭМС) накопителей энергии в материалах. В рамках компьютерного моделирования квантовой кинетики изучена релаксация НЭМС накопителя энергии в виде ограниченного плоскостями типа (100) кубоида Fe₁₇₂ в ГЦК‑кристалле железа. Для сравнения выполнен расчет методом молекулярной динамики (МД) аналогичного по исходной структуре кластера Fe₁₇₂. Проведено сравнение результатов расчета методами НК и МД для температуры 293 К. Анализ компьютерных экспериментов показал, что релаксация НЭМС накопителя энергии Fe₁₇₂ и МД-кластера Fe₁₇₂ из исходных неравновесных состояний имеет существенные отличия как в кинетике, так и в разнообразии структурных превращений. Показано, что релаксация кластера железа в методе МД незначительна и его итоговая энергия связи в расчете на атом на 2 эВ/ат ниже, чем в кристалле. Метод НК выявил, что при релаксации происходит существенное изменение формы и парной радиальной функции распределения ядер НЭМС накопителя энергии. Он значительно увеличивает энергию связи до 3,34 эВ/ат, что лишь на 1 эВ/ат меньше энергии связи в кристалле Fe. Выявлена возможность прохождения процесса самоорганизации НЭМС накопителя энергии через несколько промежуточных метастабильных состояний. Показано, что на 20 пс процесса релаксации происходит флуктуационное перестроение куба в кубоид с сильным изгибанием поверхностных граней, а вторая трансформация идет с изменением граней в трапецоиды на 40 пс. Это кардинально отличает НК релаксацию кубоидного НЭМС накопителя энергии Fe₁₇₂ от МД релаксации кластеров атомов Fe₁₇₂ в кристаллическом железе.