Методом компьютерного моделирования исследованы изотермически-изохорические кинетические процессы самоорганизации мобильных квантовых наноэлектромеханических систем (НЭМС) атомов Fe, Co, Ni в зависимости от типов межатомных электронных связей и в разных кинематических режимах мобильности. Процесс самоорганизации моделируется для закрытых в нанопоре систем атомов медом Монте-Карло. Объектами исследования выступают НЭМС из 50 атомов группы железа (Fe50, Co50, Ni50), случайно с шагом дискретности 0,02 нм, размещенные в начальный момент времени в кубической нанопоре с длинной ребра 10.00 нм. Релаксация НЭМС проведена с учетом полной энергии межатомных связей, рассчитанной методом нелокального функционала плотности, при нормальной температуре Т = 293 К. Компьютерные эксперименты по методу Монте-Карло показали различную самоорганизацию в режимах мобильности с сильной и слабой коррелированностью смещений НЭМС атомов. В ходе самоорганизации первого типа формируется устойчивый компактный кластер НЭМС атомов с более высокой энергией связи; во втором случае синтезируются фрактальные островковые кластеры с более низкой энергией связи. Выявлены также детали зависимостей кинетики процессов самоорганизации НЭМС атомов от их сорта и типа электронных связей. Показано, что эти два химических фактора вторичны для типа самоорганизации НЭМС по сравнению с изменением кинематического режима корпоративной мобильности атомов группы железа.