Основные направления историко-культурного развития контактов и связей Лебапского региона (среднего течения Амударьи), как и в древности, прослеживаются и в Средневековье. Регион становится частью Арабского халифата, государств Тахиридов и Саманидов. Об этом говорят многочисленные археологические находки, в том числе монеты, в поселениях Навидах, Кекрели, Амуле и др.

В ХII - начале ХШ в. область Амуля продолжает в этнокультурном отношении тяготеть к Бухарскому оазису, однако политически входит в состав Хорезма, что подтверждается находками из Кыз-кала, Амуля, Халачжи-кала. Археологически доказано, что после монгольского завоевания жизнь в оазисах Лебапа временно замирает. В начале XVI в. Амуль известен под названием Чарджуй и сохраняет значение важнейшей переправы через Амударью на трассе Мерв-Бухара.

С XVI по XIX в. в Лебапском регионе расселяются и строят свои крепости туркмены-эрсари.