Приводятся результаты комплексных археологических и палеоботанических исследований на территории поселения Тыткескень-2 (Горный Алтай). На поселении слои, содержащие находки, разделены друг от друга прослойками песка эолового происхождения. Благодаря этому известна относительная хронология для восьми культурных горизонтов на продолжительном временном отрезке от позднего мезолита до энеолита. Стратиграфические наблюдения дополняют радиоуглеродные даты, полученные для трех горизонтов эпохи неолита, что позволяет дать абсолютную и календарную датировку отдельных комплексов и построить периодизацию культур мезолита-энеолита Средней Катуни. В эпоху неолита поселение находилось в лесу, который стал барьером для формирования эоловых наносов в неолите, что отражено в начале почвенного профиля. В эпоху финального неолита (среднекатунская культура) лес на этом участке сохранялся некоторое время. В дальнейшем его место заняли степные сообщества. Основу хозяйства всех горизонтов поселения Тыткескень-2 от мезолита до энеолита составляла охота на копытных животных. Жилища не горели, возможно, люди покидали их добровольно в силу изменения ресурсной или природно-климатической базы.