Рассматриваются теоретические и методологические основы управления развитием региона на основе пространственной организации экономики муниципального образования. Исследуется институциональная основа управления территорией, уточняется основная цель управления социально- экономическим развитием муниципального образования — создание социально ориентированной экономики на уровне муниципального образования. Описываются существующие проблемы, связанные с созданием программ социально-экономического развития муниципального образования. Обосновывается необходимость определения направлений пространственного развития территории как методологической основы эффективного управления с помощью комплексного анализа социально-экономического положения муниципального образования. Пространственное развитие актуализирует создание методик управления социально-экономическим развитием муниципальных образований региона для преодоления внутрирегиональной асимметрии, а также позволяющих спланировать развитие экономики муниципального образования по направлениям экономической деятельности.