В статье отражены проблемы обучения курсу «Медицинская информатика» в условиях модернизации образования. Модернизация образования потребовала разработки национального образовательного стандарта. Попытки его введения пока не принесли желаемых результатов. Авторы статьи высказывают мнение о том, что при реформировании образования должен быть учтен положительный опыт российской педагогики по подготовке специалистов высокого качества, в том числе и в области медицинской информатики. Потребность в системном изменении содержания образования, изменении методов обучения — все это задачи, которые требуют таких приемов проблемно-поискового метода, как сравнение и сопоставление. В статье дается сравнительный анализ обучения курсу «Медицинская информатика» в России и в европейских университетах (на примере Германии), а также описан опыт внедрения новых подходов к обучению студентов в соответствии с требованиями ФГОС и проблемы, с которыми пришлось столкнуться при их реализации на кафедре физики и информатики Алтайского государственного медицинского университета. Анализ зарубежного опыта поможет избежать ошибок в процессе заимствования и применения методов обучения курсу «Медицинская информатика».