В работе представлены результаты мониторинга тяжелых металлов воды, взвешенного вещества водоемов бассейна реки Кобдо. Пространственное распределение металлов в бассейне реки Кобдо отражает влияние антропогенных источников на водосборе. Устойчивые превышения фоновых содержаний ртути в поверхностных водах – результат влияния рудного тела, подобного сульфиду ртути в п. Акташ (Республика Алтай). Концентрации взвешенных форм металлов в природных водах бассейна р. Кобдо находятся вблизи верхней границы фоновых содержаний для незагрязненных вод.