В работе обсуждается влияние учета флуктуаций потерь энергии в процессах ионизационных столкновений и образования пар на результат моделирования прохождения мюона через толстые слои вещества. Предложен метод, позволяющий корректно учесть флуктуации во всех процессах. Полученные результаты сравниваются с результатами, полученными с помощью традиционных приближенных методов моделирования. Продемонстрировано существенное влияние флуктуаций на вероятности выживания и интенсивность вертикального потока мюонов.