В статье приводятся материалы по оценке современного состояния экосистемы бассейна Барнаулки: установлены истоки реки, проведен учет действующих притоков. Произошедшие изменения отразились на разнообразии и качестве биоты. Происходит антропогенная трансформация флоры, обеднение ихтиофауны. Использование в качестве объектов биомониторинга организмов зообентоса, фитопланктона и его пигментных характеристик, позволило сделать выводы о качестве водной среды, а лишайников - о состоянии воздушной среды.